Le génome des pois chiches décodé

Dans une percée scientifique qui promet l’amélioration des rendements des céréales et de la qualité alimentaire, de la plus grande tolérance à la sécheresse et aux maladies, et l’amélioration de la diversité génétique, une équipe de recherche internationale a achevé le séquençage de haute qualité de non pas un mais de 90 génomes de pois chiches.

Nature Biotechnology a mis en vedette le génome de référence de la variété de pois chiches CDC Frontier et de la séquence du génome de 90 génotypes cultivés et sauvages provenant de 10 pays différents. Le document fournit une carte de la structure et des fonctions des gènes qui définissent la plante de pois chiches. Il révèle aussi des indices sur la façon dont la séquence peut être utile pour l’amélioration des cultures pour la production alimentaire durable et élastique vers l’amélioration des moyens de subsistance des petits agriculteurs en particulier dans les environnements marginaux d’Asie et d’Afrique sub-saharienne.

L’étape de recherche est le résultat de plusieurs années d’analyse du génome par l’Organisation internationale de pois chiches Genome Consortium de séquençage (ICGSC), dirigé par l’Institut international pour la recherche sur les cultures des zones tropicales semi-arides (ICRISAT), basé à Hyderabad, Andhra Pradesh en Inde, impliquant 49 chercheurs de 23 organisations dans 10 pays. L’ICRISAT est membre du Consortium du GCRAI.

Le partenariat de recherche mondial a réussi à identifier une estimation de 28 269 gènes de pois chiches après séquençage CDC Frontier. Le re-séquençage de 90 autres génotypes à des millions de marqueurs génétiques et les régions à faible diversité du génome qui peuvent être utilisés dans le développement de variétés supérieures de tolérance à la sécheresse accrue et la résistance aux maladies. Cela aidera les agriculteurs de pois chiches à devenir plus résistantes aux nouveaux défis induits par la menace du changement climatique. La carte du génome peut également être utilisé pour exploiter la diversité génétique par l’élargissement de la base génétique des plantes cultivées.

Le pois chiche est la deuxième plus grande légumineuse cultivée de céréales alimentaires dans le monde, cultivé dans environ 11,5 millions d’hectares principalement par des agriculteurs pauvres en ressources dans les zones tropicales semi-arides. La haute valeur nutritive, résistant à la sécheresse de pois chiches contribue à la génération de revenus et moyens de subsistance des petits exploitants agricoles améliorées dans les pays africains comme l’Ethiopie, la Tanzanie et le Kenya, et est cruciale pour la sécurité alimentaire en Inde (qui est le plus grand producteur, consommateur et importateur de la culture) . Le pois chiche est également un élément important de l’industrie des légumineuses en Australie, au Canada et aux USA.

« L’ICRISAT et ses partenaires ont une nouvelle fois démontré la puissance des partenariats productifs en réalisant cette percée dans la génomique des légumineuses», explique le Dr William Dar, directeur général, l’ICRISAT. « Dans le cadre du programme de recherche du GCRAI (CRP) sur les légumineuses à grains mené par l’ICRISAT avec d’autres membres du Consortium du GCRAI et des programmes ainsi que des partenaires nationaux, le séquençage du génome va jouer un rôle crucial dans l’accélération du développement de variétés améliorées pour les cultures de petits exploitants agricoles tels que le pois chiches. « 

« Dans le visage de la faim et de la pauvreté croissante au milieu de la menace du changement climatique, la séquence du génome du pois chiche facilitera le développement de variétés de qualité supérieure qui va générer plus de revenus et aider à dégager les communautés vulnérables des zones arides sortir de la pauvreté et de la faim pour de bon, en particulier ceux dans les zones arides de l’Asie et de l’Afrique sub-pour qui l’ICRISAT et ses partenaires travaillent », ajoute le Dr Dar.

« La diversité génétique, une condition importante pour l’amélioration des cultures, est très limitée et a été un sérieux obstacle à l’amélioration de pois chiches. Cette étude fournira non seulement l’accès aux« bons gènes »pour accélérer la reproduction, mais aussi de régions génomiques qui apporteront génétique la diversité de retour de variétés ou d’espèces sauvages aux lignées », explique le Dr Rajeev Varshney, coordinateur du ICGSC et directeur – Centre d’excellence en génomique, l’ICRISAT. « Pour le moment, il faut 4-8 ans pour élever une nouvelle variété de pois chiches. Cette séquence du génome pourrait réduire de moitié le temps de se reproduire pour une nouvelle variété avec le marché traits préférés. » il ajoute.

Selon le professeur Jun Wang, directeur de BGI, «La collaboration entre BGI et l’ICRISAT a donné des résultats significatifs en recherche sur les cultures orphelines, comme le génome d’Angole avant et maintenant, le génome du pois chiche. Je crois que notre partenariat va révolutionner la recherche sur les cultures orphelines, qui sont les principales cultures de base dans de nombreux pays à faible revenu et sont extrêmement importants pour les petits agriculteurs à travers le monde. Le séquençage du génome du pois chiche projet a été entrepris par le ICGSC dirigé par l’ICRISAT, l’Université de Californie-Davis (USA) et BGI-Shenzhen (Chine) avec la participation des partenaires nationaux clés en Inde, États-Unis, le Canada, l’Espagne, l’Australie, l’Allemagne et la République tchèque.

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